Na década de 1980, o Ceres filiou-se à Federação De Futebol do Estado do Rio de Janeiro(FERJ) para a disputa do Departamento Autônomo (D.A.), uma espécie de campeonato amador, que hoje em dia é conhecido como Campeonato Amador da Capital.
Em 1985, o Ceres FC sagrou-se campeão do D.A. e em 1986 foi Vice-Campeão.
Com isso, o clube conseguiu forças para profissionalizar-se, mas só começou a disputar o Campeonato Estadual do Rio de Janeiro em 1988, quando jogou a Terceira Divisão.
Em 1990, o Ceres sagrou-se campeão desta divisão, ascendendo à Segunda Divisão de Profissionais, onde permanece até os dias de hoje.
Em 1997, o Ceres fez uma brilhante participação na Segunda Divisão, sagrando-se campeão do 1º turno da segunda fase, classificando-se para a grande final, que perdeu para o Friburguense, sendo o Ceres, o Vice- Campeão daquele ano.
Mesmo com algumas dificuldades, o Ceres vem fazendo boas campanhas nos últimos estaduais e vem lutando parar ascender à Primeira Divisão do Rio de Janeiro.
Em 2007, porém, devido a dificuldades financeiras, o clube teve que se licenciar da disputa profissional, retornando em 2008.
Curiosidade: Um dos grandes ídolos da história do Palmeiras (SP), Ademir da Guia deu seus primeiros passos para o futebol no infantil do Ceres.
A macaca Chita é o símbolo do clube