O Atletismo no Brasil nasceu em Niterói. Algumas disputas foram realizadas no Rio Cricket entre 1902 e 1919 (o Flamengo conquistou a Taça XV de Novembro em 1919). O Fluminense havia formado sua primeira equipe em 1909. O esporte ganhou muita popularidade no início do século e a Liga Metropolitana de Desportos Terrestres (a mesma entidade que cuidava do futebol) organizou o primeiro Campeonato da Cidade em 02 de Novembro de 1919, no campo do CR Flamengo. Flamengo, Fluminense, São Cristóvão, Mangueira e Boqueirão do Passeio disputaram então a Taça João Cantuária. O Fluminense conquistou este título deixando o Flamengo com o vice. No entanto foi Ulisses Malaguti, atleta do Flamengo, que mais chamou a atenção.
Quando a Liga de Atletismo do Rio de Janeiro foi fundada em 1938 o atletismo já era um esporte tradicional no clube tanto que o Flamego foi um dos fundadores da L.A.R.J. junto com America, Botafogo, Fluminense, Sport Clube Brasil e Vasco da Gama.
Em 1960 a L.A.R.J. passou a se chamar Federação de Atletismo do Rio de Janeiro. Até hoje o nome é esse.
Entre 1919 e 1922 o Flamengo não tinha pista de atletismo e seus atletas se preparavam correndo sobre a grama. Em 1922 o clube finalmente construiu sua pista de atletismo ao redor do campo da Rua Payssandu. No mesmo ano o Flamengo contratou seu maior técnico de toda história: o americano Robert Fowler.
O Mais Querido do Brasil só começou a competir no Campeonato Carioca Feminino em 1951, quando obteve o terceiro lugar.
Até 1976 o Flamengo tinha uma pista de Atletismo ao redor de seu campo de Futebol na Gávea. Não sabermos a data exata de sua construção nem o porquê de sua demolição. A verdade é que o Atletismo perdeu muito prestígio no Brasil ao longo dos anos e o povo passou a preferir os esportes coletivos. Quando a pista ainda existia o Flamengo formava seus atletas em casa devido às escolinhas. Os ídolos da torcida também ficavam lado a lado com os sócios, o que incentivava bastante o esporte e os atletas.
De 1976 até 2006, os atletas do Flamengo treinavam no Estádio Célio de Barros, no complexo do Maracanã, ou no Centro de Treinamento da Funaben, no bairro do Quintino. A modalidade estava quase esquecida no clube quando em 1997 o Flamengo firmou um acordo com a F.A.R.J. Vários atletas de várias categorias da seleção brasileira chegaram ao clube e logo no primeiro ano de trabalho o time ficou em segundo lugar no Campeonato Estadual e em quinto lugar no Troféu Brasil.
Ao longo do século o Atletismo cresceu em tamanho: mais provas, mais campeonatos, mais atletas, mais clubes,… mas ele caiu muito em popularidade. Quem vai aos estádios acompanhar os campeonatos sabe que a torcida é composta apenas de dirigentes e familiares. O público em geral desapareceu. Os atletas precisam de patrocínios (individuais) e os clubes surgem e desaparecem como um raio por falta de dinheiro.
Os clubes filiados à F.A.R.J. em 1997 eram: Flamengo, Fluminense, Arpoador - Rio, Vasco da Gama, Gama Filho, Mangueira, Escola Técnica Federal de Química, C.E.I., SESI, CEPE - CREDUC Petrobrás, Escola Naval, Botafogo, America, PM de Volta Redonda, Caixa Beneficiente da Polícia Militar, Prefeitura Municipal de Duque de Caxias, Corredores de Niterói, Academia Militar das Agulhas Negras e Colégio Militar do Rio de Janeiro.
Em julho de 1993 o Flamengo inaugurou seu Departamento de Triatlo, que aparentemente durou pouco. Para comemorar esta inauguração o clube organizou em suas dependências um Biatlo, uma vez que o não há espaço para o Ciclismo na sede do mesmo.
Em 2006, O Flamengo encerrou as atividades da modalidade no clube. O Botafogo fez o mesmo em 2007. O America já tinha se disfiliado no final dos anos 1990.
Atualmente os filiados são: Escola Municipal Silveira Sampaio, Mangueira, Rocinha, Vacso da Gama, Escola Municipal Francisco Caldeira de Alvarenga, Núcleo de Esporte Olímpico Arnaldo de Oliveira, Fluminense, Prefeitura Municipal de Natividade, SUDERJ, Prefeitura Municipal de Duque de Caxias, PMBR, Pé de Vento, AMAN e Lagos.
